生信地基系列--生信格式互转

2022-08-22  本文已影响0人  可能性之兽

格式互转大全

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其他工具基本都是有名的存在,就不怎么介绍了,主要介绍最后面几个

bed文件转成等bin的bedgraph格式 - 简书 (jianshu.com)

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其中的UCSCtools是指:USUC提供的系列工具UCSCtools
对这三种文件格式进行相互转换与处理。常用工具包括:WigTobigWig、bigWigToWig、bigWigToBedGraph、bigWigSummary、bigWigAverageOverBed、bigWigInfo等。

bedGraphToBigWig :Convert a bedGraph file to bigWig format. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bedGraphToBigWig

bigWigToBedGraph :Convert from bigWig to bedGraph format. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigToBedGraph

bigWigToWig :Convert bigWig to wig. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigToWig

bigWigSummary :Extract summary information from a bigWig file. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigSummary

bigWigAverageOverBed :Compute average score of big wig over each bed, which may have introns. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigAverageOverBed

bigWigInfo :Print out information about bigWig file. http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/bigWigInfo

其他

生信地基系列--生物信息学参考基因组,格式和起始位置 - 简书 (jianshu.com)

[生信资料 3] 生物信息学常见数据格式,汇总! - 知乎 (zhihu.com)

wig、bigWig(bw)和bedgraph(bdg)文件详解 - 简书 (jianshu.com)

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