生信工作者日常小tips汇总
1. mac终端数据拖拉式传输
不用winscp 也不用filezila 请直接打开你的终端Terminal
输入scp 拖拽需要传输的文件到这里 账户@ip:路径
外网传输需要设置端口用 -P 80或2222 （P一定要大写）
传文件夹用 -r
gif只用三秒
唰地一下就好了
是不是很方便
轻松搞定
2. top +c查看任务
top可以显示系统当前的进程和其他状况
在输入top回车之后 按下c键，可以看到具体的命令内容
按下h键查看所有参数说明
目前来看还是c比较有用
扩展阅读：linux的top命令参数详解
3. featurecounts 批量计算bam
在做转录组定量的时候featurecounts经常被使用
官网使用说明 A quick tutorial on featureCounts
这里要介绍的是可以多个bam/sam一起输入
featureCounts -a XX.gtf -o counts.txt 01.bam 02.bam 03.bam ......
log里面记录了每个bam文件的比对率
生成的count.txt里从第七列开始都是每个样本的表达量，可以用awk提取得到raw matrix
4. 外网登录服务器
这个专门写了一个教程 轻松搞定服务器外网登录
可能是史上最简单的了
5. wget下载--no-check-certificate
有时wget下载不了，可以加上--no-check-certificate（不检查证书）试试
6. cat -A显示特殊字符
其实也就是cat -vET，cat -e（-vE）和cat -t （-vT）的结合
cat -e能显示回车\n，用$表示，而cat -t 显示空格为^I, 结合在一起就都显示了
以上是我个人在实际操作中总结的一点小心得
后续会慢慢加上更多的小tips方便大家
也欢迎积极留言 把你在生信分析中发现的妙招分享出来~
