Raven | 未校正、长reads的从头基因组组装工具

一、简介

Raven是三代raw reads的组装软件。它首先通过 chaining minimizer hits （子模块Ram（已将minimap转换为library））找到 reads 之间的重叠，创建组装图并对其进行简化，并使用部分有序的比对数据（order alignment ）（子模块Racon）polish重叠群contigs。

Raven将包含FASTA / FASTQ格式（可以用gzip压缩）的 raw reads 的单个文件作为输入，并将高精度FASTA格式的重叠群contigs输出到stdout。

二、安装

依赖关系

• gcc 4.8+或clang 3.4+
• cmake 3.2+

CUDA支持

• gcc 5.0+
• cmake 3.10+
• CUDA 9.0+

1.普通安装

要安装Raven，请运行以下命令：

git clone --recursive https://github.com/lbcb-sci/raven.git raven
cd raven
mkdir build
cd build
cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ..
make

成功安装后，名为raven的可执行文件将出现在中build/bin中。

注意：如果git clone省略--recursive，请在继续编译之前运行git submodule update --init --recursive。

（可选）将raven可执行文件安装到计算机上，运行sudo make install。

2.CUDA支持

子模块racon利用NVIDIA的ClaraGenomicsAnalysis SDK进行CUDA加速polish和alignment。

要使用CUDA，请在运行cmake时添加-Dracon_enable_cuda=ON。如果没有CUDA支持，则该cmake步骤将报告错误。请注意，CUDA支持标志不会产生新的二进制目标。而是增加了现有的raven二进制文件本身。

cd build
cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -Dracon_enable_cuda=ON ..
make

3.其他选择

brew

安装Linuxbrew并运行以下命令：

brew install brewsci / bio / raven-assember

conda

安装conda并运行以下命令：

conda install -c bioconda raven-assembler

三、用法

raven的用法如下：

raven [options ...] <sequences>

    <sequences>
        input file in FASTA/FASTQ format (can be compressed with gzip)
        containing sequences

    options:
        -p, --polishing-rounds <int>
            default: 2
            number of times racon is invoked
        -t, --threads <int>
            default: 1
            number of threads
        --version\
            prints the version number
        -h, --help
            prints the usage
    (only available when built with CUDA)
        -c, --cudapoa-batches
            default: 1
            number of batches for CUDA accelerated polishing
        -b, --cuda-banded-alignment
            use banding approximation for polishing on GPU
            (only applicable when -c is used)
        -a, --cudaaligner-batches
            number of batches for CUDA accelerated alignment

raven