2021-08-02 M6A 相关生物信息学分析表明 HNRNP

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越来越多的证据表明 N6-甲基腺苷 (m6A) 在癌症进展中起着至关重要的作用。因此，我们旨在探索 m6A 相关基因在口腔鳞状细胞癌 (OSCC) 中的预后相关性。首先，从癌症基因组图谱（TCGA）下载表达谱，然后提取 m6A 相关基因。然后，使用聚类分析和主成分分析（PCA）分析 m6A 相关基因。差异表达分析在R软件中进行。此外，构建了风险模型，并选择了关键的 m6A 基因来探索其在 OSCC 细胞中的生物学效应。共提取13个m6A相关基因，鉴定出8个差异表达基因。随后，基于 m6A 的聚类显示了具有不同临床结果的 2 个亚型。此外，成功建立风险模型。通过单变量和多变量 cox 回归分析，在 13 个 m6A 相关基因中，只有异质核核糖核蛋白 C (HNRNPC) 可能是独立的生物标志物和 OSCC 中不利的总生存期。功能研究表明，HNRNPC 的过表达通过上皮间质转化 (EMT) 促进了 OSCC 的癌变。总之，建立了OSCC中m6A相关基因的风险模型。随后，HNRNPC被证明可促进OSCC的致癌作用，是OSCC的独立生物标志物预后生物标志物，表明它可能是OSCC的新生物标志物和治疗靶点。

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m6A相关基因的鉴定差异表达分析
OSCC中M6A相关基因的表达水平和相关性。（A）基于TCGA数据库的317个OSCC样本和32个正常对照m6A表达水平。N代表正常对照，而T代表肿瘤样本。差异在 p <0.05 * 处被认为是显着的；p <0.01；p <0.001*。热图中升序的标准化表达水平从绿色到红色。( B ) 13 个 m6A 相关基因的差异表达分析。蓝色代表正常对照，而红色 OSCC 样品。（C）13个m6A相关基因之间的相关性。图中上升的归一化相关水平从蓝色到红色。 1627901356(1).png

基于 M6A 的聚类显示 OSCC 的 2 种亚型
基于 m6A 相关基因的聚类分析。( A , B ) 聚类分析表明 TCGA 中的 317 个 OSCC 样本可分为 2 组。（C）cluster1 和2 之间的生存分析。（D）在聚类分析的基础上进行主成分分析。PCA1代表主成分分析1，而PCA2代表主成分分析2。（E）聚类分析与临床特征的相关性（等级，p=0.0352）。N代表TNM系统中的N分类，T代表TNM系统中的T分类。

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cox回归模型的建立
cox回归模型的构建。（A）基于风险评分水平和临床特征在 R 软件中执行的热图（等级 p=0.003）。N代表TNM系统中的N分类，T代表TNM系统中的T分类。( B ) 基于风险评分的生存分析。( C ) 分化等级的风险评分分布。y 轴代表风险评分水平，x 轴代表不同的等级（grade1 vs Grade2，p=0.0002；grade1 vsgrade3+4，p=0.0001）。( D , E ) 根据风险评分和临床特征进行单变量 cox 回归和多变量 cox 回归。N代表TNM系统中的N分类，T代表TNM系统中的T分类。

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HNRNPC 促进 OSCC 增殖、迁移、侵袭和 EMT（上皮间质转化）
HNRNPC 促进 OSCC 细胞系的增殖。( A ) Si-HNRNPC 抑制 scc15 细胞系中的细胞增殖（48 小时 p=0.0002，72 小时 p<0.0001）。( B ) Si-HNRNPC 抑制 scc25 细胞系中的细胞增殖（48 小时 p=0.0001，72 小时 p=0.0073）。( C ) HNRNPC 的过表达促进了 scc9 细胞系的增殖（48 小时 p=0.0021，72 小时 p=0.0035）。( D ) HNRNPC 的过表达促进了 cal27 细胞系的增殖（48 小时 p=0.0018，72 小时 p=0.0022）。

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检测迁移和入侵能力。（A，B）在scc15细胞系和cal27细胞系中检测到迁移和侵袭能力。HNRNPC的过表达促进了OSCC细胞的迁移和侵袭，而HNRNPC的敲低则相反。（C，D）用Westernbolt测定检测EMT标记。EMT通路的激活加速了OSCC的迁移和侵袭。

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OSCC 细胞系中的划痕愈合试验。划痕愈合试验用于评估scc15细胞系（A，p=0.0079）、scc25细胞系（B，p=0.0136）、cal27细胞系（C，p=0.0068）和scc9细胞系（D， p = 0.0066）。