Ubuntu生信起手式
2019-05-04 本文已影响1人
Angeladaddy
学习生信，最好的环境应该是linux跑数据+网页端RStudio写代码。最好有随时可以访问的一台linux服务器。 没有的话，开启win10的linux子系统也是一个不错的选择。
下面开始配置环境。
1. 安装R
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
# will output:
Output
Executing: /tmp/apt-key-gpghome.4BZzh1TALq/gpg.1.sh --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
gpg: key 51716619E084DAB9: public key "Michael Rutter <marutter@gmail.com>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg: imported: 1
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
Output
...
Get:5 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease [3609 B]
...
Get:6 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages [21.0 kB]
...
sudo apt update
Output
...
Hit:2 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease
...
You should install R with OpenBLAS. In plain terms, OpenBLAS will boost some operations and I want you to be a happy user. You can ignore this advice if you are going to work with relatively small datasets.
sudo apt-get install libopenblas-base r-base
check:
sudo -i R
Output
R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
>
2. 安装RStudio Server版，
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/trusty/amd64/rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.2.1335-amd64.deb
安装完毕后服务自动开启在8787端口，如果暴露给外网还要打开防火墙端口，建议使用ufw管理防火墙。
我们还需要在系统中添加一个用户，用来访问RStudio：
sudo adduser youname
添加完成后，浏览器打开ip:8787就能访问了：
image.png
3. 安装gdc-client
wget https://gdc.cancer.gov/system/files/authenticated%20user/0/gdc-client_v1.4.0_Ubuntu_x64.zip
unzip gdc-client_v1.4.0_Ubuntu_x64.zip
我们将得到gdc-client可执行文件，位于当前目录下，为了方便使用，我们还需要将其加入环境变量：
打开~/.bashrc
#通过修改.bashrc文件:
vim ~/.bashrc
#在最后一行添上：
export PATH=you gdc-client path:$PATH
#生效方法：（有以下两种）
#1、关闭当前终端窗口，重新打开一个新终端窗口就能生效
#2、输入“source ~/.bashrc”命令，立即生效
#有效期限：永久有效
#用户局限：仅对当前用户
4. 其它
推荐使用xshell免费版与服务器进行ssh连接，虽然RStudio也自带终端，但xshell的上传下载命令lrzsz实在是太好用了（我们有时需要在win上下载manifeste文件，上传到linux进行数据下载），https://blog.csdn.net/liuruiqun/article/details/45921921
下载数据中
image.png
这样我们无论何时下载好的数据都在服务端，我们可以随时随地开始分析
