R——绘制相关关系热图

R——相关关系热图

> # 构建相关关系矩阵

> library(psych)

> data.corr <- corr.test(rows, cols, method="pearson", adjust="fdr")

> data.r <- data.corr$r # 相关系数

> data.p <- data.corr$p # p值

>

> # 画热图

> library(pheatmap)

> pheatmap(data.r, clustering_method="average")

R内置函数 cor() 可以用来计算相关系数：cor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman"))，如果数据有缺失值，用cor(x, method = "pearson", use = "complete.obs")。