ImageJ——共标细胞计数
2021-04-05 本文已影响0人
没有猫但是有猫饼
参考这篇 基本操作都差不多~
工具：Fiji（包含更多插件的ImageJ） 个人感觉比普通的ImageJ好用
思路：统计几张图片中相同的ROI 即为共标细胞
但是可能会与手数有一些偏差 我只是想定性 如果想要非常准确的结果可能不可以这样
1. 打开Fiji
打开Fiji
2. 找到想要统计的图片，拖到Fiji中
3. image- type- 8 bit 将图片转为黑白
image
4. 使用image-aadjust- threshold 调整对比度 尽量减少假阳性
5. 如果细胞有重叠，需要打散 使用 process-binary-watershed
这个时候细胞已经被打散，可以先计数一下
6. 使用 analyze - analyze particles - ok
按图中勾选 size那里可以规定最小的细胞
7. 结果会显示在results里面
results
这个表示有202个细胞
8. 将第一幅图的细胞添加至ROI中
8.1 edit - selection - creat selection
现在细胞会被黄色选中
8.2 ROI manager - add 将通道添加进来
9. 另外几个通道的图片同上，添加进ROI manager中
image.png
10. 按ctrl键盘选中两个区域 - more - and 提取共同的ROI
