安装tophat2时遇到的问题

tophat作为当前流行的序列比对软件，为转录组分析提供了很多便利之处
本人原来下了并且安装了tophat2，但是觉得自己的虚拟机硬盘不够大，便重新建立了一个虚拟机并重新安装了tophat2。但是，这次安装我却遇到了许多问题
1.从官网上面直接下载并安装tophat2，再配置好环境变量后，运行tophat2出现如图所示的问题

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出现这样的问题可能是因为Linux系统的python默认为python3，而运行tophat2，则需要python2的环境
所以我们先下载一个Anaconda来配置一个python2的环境
代码如下

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh

运行Anaconda

sudo sh Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh

在安装的过程中脚本会问你是否需要添加环境变量，选是，这样我们就不用再去添加环境变量了

下载并安装好Anaconda后，便可以用它来配置一个python2.7的环境，代码如下

conda create --name python27 python=2.7 -y

配置完成后后输入

conda info -e

就可以看到配置的信息如图

ZN(FI$VT`K%UTZM3@(BUEVY.png

再次运行tophat2
结果又出现图示问题

(@%6K0`}EFFA4KKRZ3C{()Q.png

出现这个问题的原因是：
虽然我们配置的python2.7的环境但是系统默认的还是python3，所以我们要把tophat2的解释器更改为我们配置好的python2.7
操作如下
1.先进入tophat2所在的文件夹 如图

QGR9BK3SE``AU%PTLDR}N61.png
然后输入代码

vi tophat

对tophat进行编译
将第一行解释器的路径更改为我们用Anaconda配置好的python2.7的路径（可以输入conda info -e）获得路径
如图

保存好
再次运行tophat2
又出现如图问题

我们切换为root 输入代码

sudo -i

运行tophat2

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问题解决了！！！！