微生物网络分析network
微生物相关网络构建教程：MENA, LSA, SparCC和CoNet
微生物研究必备：Cytoscape绘制网络图（一）
微生物研究必备：Cytoscape绘制网络图（二）
微生物研究必备：Cytoscape绘制网络图（三）
微生物研究必备：Cytoscape绘制网络图（四）
微生物研究必备：Cytoscape绘制网络图（五）
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Cytoscape 是一款构建分子相互作用网络的可视化分析软件，通过对不同样品间的物种或功能丰度信息进行相关性分析，可以获得环境样本中物种或功能之间的相似性，共存概率，群聚效应，从而发现物种和功能的相互 关系，以及这些关系同环境之间的联系， 进而解释样品间表型差异的形成机制。通过网络关系图去表现物种或 代谢功能与样品、样品分类三者之间的相关关系，可以从网络结构图中发现重要的模式或信息。
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注:物种相关性网络图主要反映某一环境条件下各分类水平的物种相关性。选取属水平总丰度前 50 的物种，并 计算物种之间的斯皮尔曼等级相关系数，以反映物种之间的相关性。图中默认显示|SpearmanCoef|>0.8 且 p<0.01 的物种;图中节点的大小表示物种丰度大小，不同颜色表示不同的物种;连线的颜色表示正负相关性，红色表示 正相关，绿色表示负相关;线的粗细表示皮尔逊相关性系数的大小，线越粗，表示物种之间的相关性越高;线越 多，表示该物种与其他物种之间的联系越密切。
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注:物种网络图中节点代表存在相互关系的物种，节点大小代表物种丰度，不同形状区分物种的中心度大小水平， 其中圆形为中心度小的物种，方形的为中心度较大的物种即与之相关的物种较多，这些物种在群落演化进程中作 用更加重要。图中的连线代表物种之间的关系，实线表示物种之间距离大，虚线表示距离小;连线的粗细表示了 线段两端的物种同时存在的概率大小。
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注:基因和功能代谢网络图中圆点代表代谢途径，ko 编号表示代谢途径编号，方形表示编码基因，K 编号表示相 应基因编号。节点的大小代表基因或代谢途径在样本中丰度的高低，连线表示基因和代谢途径的相关关系，即该 基因所参与的代谢途径。与某节点的连线越多，表示该基因或代谢途径越重要。不同的色块，表示不同的基因-代谢途径关系群。
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- 注:宿主与注释基因对应网络图。中心点表示基因作用宿主，外围点表示各注释 phi 基因，其颜色代表病原体物 种，相同颜色表示来源于同一病原体物种;连线颜色及类型表示病原体与宿主互作突变表型。
