GWAS分析-说人话

GWAS分析-说人话(8)合并数据

2019-11-22  本文已影响0人  医学小蛋散

前言

重要的,还是要知道自己在做什么!

为什么要合并数据?

是为了个性化的GWAS分析。plink的指令,只识别“一个”名字的文件(如下图的MY_DATA)。

聪明的你,应该知道我这是在告诉你们“做出MY_DATA“的过程了。

网上的其他教程,您觉得有教吗? I don't think so!

plink的基本指令

文接上一回(GWAS分析-说人话(3)打开文件),华丽分割线之后。

当我们把对照组变成1,实验组变成2之后,我们就要合并成一个拿来关联分析的软件了。

网上的教程是这样的:Plink合并文件

合并(merge)文件,当然使用merge指令

好的,说人话!

实际上是怎样的呢?

当然是要根据自己想合并的文件格式(我说过很重要!GWAS分析-说人话(2)认识文件名),选择相应的指令格式。

合并数据之前,如果是亚组分析,记得改fam文件第六行的值哦!!(GWAS分析-说人话(4)打开文件GWAS分析-说人话(4)打开文件

(框框里是直接复制的指令,按需修改加粗部分就可以了,大神忽略框框下的内容就好。)

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink --noweb --bfile /Users/seedson/sclschr220191101 --bmerge controlchr220191101.bed controlchr220191101.bim controlchr220191101.fam --allow-no-sex --make-bed --out mergefilesclcvscontrol

接下来就是一个一个指令解析(够人话,够粗暴,够通俗易懂了吧?给我点个赞呗~)

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink #我电脑放plink的位置,你要告诉terminal软件在哪里,才会跑啊,你以为鼠标双击哦!~

--noweb #跳去基于Web的版本检查(无所谓,无关痛痒)

--bfile /Users/seedson/sclschr220191101 #这是我想合并的文件位置(告诉你个小秘密哦,直接在文件夹上鼠标选中,拖到terminal中就可以了哦! 不要自己打字!~)

--bmerge controlchr220191101.bed controlchr220191101.bim controlchr220191101.fam #本例,我们想合并的对照组文件(bed,bim,fam一家人都在哦)(我说过很重要!GWAS分析-说人话(2)认识文件名)。

--allow-no-sex (我的数据没有性别的数据,所以没有这个指令会报错(如下),合并不了),所以如果你的数据有性别信息,这个指令就可以不用了。

报错画面

--make-bed  #这个指令就是在它之前的操作之后,创建一个新的PLINK 1二进制文件集(还记得我说过,这个文件是人看不到的吗?)。

--out mergefilesclcvscontrol  #这个指令就是你想输出文件的名字了。

运行成功的画面(好一个done!) 相应的文件夹就会自动生成合并后文件了。

合并成功

以上!~

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