Day2-单细胞数据SRA下载
2022-04-16 本文已影响0人
Sun506
Linux下载单细胞数据
数据准备
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首先找到你想要的数据库，我这边选择gse155513，然后点击 SPR274643
image.png
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在Send to选择File，Format点击RunInfo,然后Create File
image.png
看看长什么样子
image.png
Linux下载原始数据
- 进入Linux系统,选择目录
cd /mnt/SSS/database - 创建文件夹
mkdir GSE155513RAW
ls#看看你创建了个什么东西
cd GSE155513RAW#进入下级目录
- 新建一个txt
vi downloads.txt
按i进入insert模式
将downloads_Path文本复制进去（观察文本完整性，自己补全），
image.png
esc退出
按shift+:进去命令模式，输入“wq”保存 - mwget后台多线程下载SRR文件
for i in `cat downloads.txt`;
do
nohup mwget $i &
done
- 当然wget更加常用
nohup wget -i downloads.txt &
今天就先下载着，什么时候下载好了，就fastq转化和cellranger
