EDTA注释重复序列之安装篇

github主页

https://github.com/oushujun/EDTA

按照主页的帮助文档 我用conda安装

conda env create -f EDTA.yml

可能是网络的问题 一直没有成功

用网络稍微好一点的服务器，运行

conda env create -f EDTA.yml

这个成功了

然后把这个环境打包下来

conda install conda-pack -y 
conda pack -n EDTA -o EDTA.tar.gz

然后把打包好的文件下载下来，放到我分析数据的服务器上

mkdir EDTA
tar -xzf EDTA.tar.gz -C EDTA

然后把github主页的软件包下载下来

启动这个EDTA的环境

source EDTA/bin/activate

然后运行命令

perl ~/biotools/EDTA/EDTA.pl -genome at_chr1.fa -species others -step all -t 8

遇到报错

Fri Feb 17 09:58:03 CST 2023    Dependency checking:
Error: The RMblast engine is not installed in RepeatMasker!

查了一下这个报错，找到

https://github.com/oushujun/EDTA/issues/11

image.png

可以指定repeatmasker的路径

我之前用conda安装过repeatmasker

试一下命令

EDTA.pl -genome at_chr1.fa -species others -step all -t 8 --repeatmasker /home/myan/anaconda3/envs/repeat/bin/RepeatMasker

这个也不行，还是有报错，忘记截图了，

猜测是打包的conda环境有关，一直提示的就是在某个路径下找不到某个脚本，而且那个路径很奇怪，我搜索了一下这个报错也没有找到对应的解决办法

github主页还介绍了使用mamba安装的方法，我再试这个方法

首先是运行这个命令

mamba install -c conda-forge -c bioconda edta python=3.6 tensorflow=1.14 'h5py<3'

有报错，但是报错忘记截图了

然后我把 -c参数的内容去掉 （为啥去掉这个参数 我也说不清楚，就是瞎试）

mamba install edta python=3.6 tensorflow=1.14 'h5py<3'

还是报错，而且这一步卡了很长时间，具体多长时间我也不知道，报错信息是

Could not solve for environment specs
Encountered problems while solving:
  - nothing provides libmamba 0.23.1 h1566912_0 needed by libmambapy-0.23.1-py310hd09550d_0

The environment can't be solved, aborting the operation

猜测是python版本的问题，因为python3.6，有点老了

单独安装python3.6试试

mamba install python=3.6

和上面的报错一样

把python改成3.7试试

mamba install python=3.7

幸运这次没有报错了,然后再安装另外一个依赖

mamba install tensorflow=1.14 'h5py<3'

幸运没有报错

最后安装edta

mamba install edta -y

没有报错

使用

EDTA.pl -genome at_chr1.fa -species others -step all -t 8

这个好像成功了

运行完中间有个提示信息

Use of uninitialized value $seq_new in substr at /home/myan/anaconda3/envs/EDTA/share/EDTA/util/cleanup_nested.pl line 190.
Thread 1 terminated abnormally: substr outside of string at /home/myan/anaconda3/envs/EDTA/share/EDTA/util/cleanup_nested.pl line 190

不知道有没有影响

结果怎么看还得研究

前后折腾了好几天