芯片注释包注释方法总结

一、首先先查看GPL是否对应bioconductor已经构建的注释包，对照表链接：https://blog.csdn.net/weixin_40739969/article/details/103186027
二、如果很不幸在bioconductor中没有注释包，那只能从GPL提供的注释文件中一点点去注释，以下代码为下载GPL的注释文件

library(GEOquery)
gpl515<-getGEO('GPL17515',destdir =".") 
#读入的时候需要注意参数设置，不然会报错
gpl<-read.table("GPL/GPL22120-25936.txt",header = T,sep = "\t",fill = T,quote = "")

三、如果在bioconductor中有这个包，可以使用1、从包中手动提取需要的ID转换表格进行转换，2、使用annotate包进行自动转换
参考链接：https://blog.csdn.net/tommyhechina/article/details/80409983