收集 | 生信常用数据库（待更新）

注意：
数据库的更新及版本对应使用

NCBI系列：

NCBI db:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db
NCBI genomes:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/
Nr：NCBI官方非冗余蛋白数据库，包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DNA序列，就是nt库。
注意：构建nr或者nt数据库的子库（如植物），参考生信技能树，百迈克基因的Nt/nr数据库拆分。

基因家族和组学系列：

Pfam: 蛋白结构域注释的分类系统
swiss-prot: 经过注释的蛋白质序列数据库，蛋白序列得到实验的验证，由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。
Interpro：通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能。是EBI开发的一个集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余数据库。Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库，并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释。
KEGG: 代谢通路注释数据库。
GO: 基因本体论注释数据库。

生信交流论坛

中文：
生信技能树、CSDN、博客园、简书等。

英文：
github:生信软件下载或者向作者提问，参看issuse。
sourceforge:相当于一个仓库，部分生信软件下载。
Biostars:专注于生物信息类的问答。支持关键字搜索，遇到问题先搜索答案，最好不要直接就发帖询问，因为很多问题已经有详细的答案了。使用参看公众号：基因学苑：生物信息神奇网站系列（四）：Biostars
seqanswers:是最早的生物信息论坛。使用参看公众号：基因学苑生物信息神奇网站系列（三）：Seqanswers

常见物种数据库

拟南芥：TAIR:https://www.arabidopsis.org/
水稻：RICE:http://rice.plantbiology.msu.edu/
茄科：Sol genomic Network:https://solgenomics.net/
番茄：TGRC(Tomato Genetic Resoure Center):https://tgrc.ucdavis.edu/
葫芦科：CuGenDB:http://cucurbitgenomics.org/
葡萄：Grape 12X:http://www.genoscope.cns.fr/externe/GenomeBrowser/Vitis/
Grape Genome:http://genomes.cribi.unipd.it/grape/index.php
玉米：Maize:https://www.maizegdb.org/
柑橘：Citrus sinensis:http://citrus.hzau.edu.cn/orange/index.php

植物多物种数据库

Phytozome12:https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html（需要注册账号才能使用）
Ensemblplants:http://plants.ensembl.org/index.html
Plant Genome Duplication Database:http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/index/locus
植物转录因子数据库：http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/