使用FastqCount统计fastq文件基本信息？
2021-05-26 本文已影响0人
生物信息与育种
1. FastqCount简介
快速实用小工具：FastqCount
https://github.com/zhimenggan/FastqCount
统计指标包括：
- Total Reads
- Total Bases
- N Bases
- Q20
- Q30
- GC
2. 使用
压缩文件可搭配pigz使用更香。
单个fastq(.gz)文件:
./FastqCount input.fastq
多文件：
pigz -dc R1.fastq.gz R2.fastq.gz | ./FastqCount - >seq.out &
3. 结果
image.png
