ID转换专题之直接下载1：Gencode官网
2019-07-08 本文已影响0人
Amy_Cui
各种转换ID之间的关系，好处是这个网站更新的快。不方便之处是下载的ID都是ENST的ID，非ENSG ID。--2019.07.08
官网
通过点击选择下载
image.png
直接进入ftp来下载：
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/
# 示例
$ wget -c ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/gencode.v29.metadata.HGNC.gz
# ENST00000456328.2 DDX11L1
$ wget -c ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/gencode.v29.metadata.RefSeq.gz
# ENST00000335137.4 NM_001005484.1 NP_001005484.1
$ wget -c ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_29/gencode.v29.metadata.EntrezGene.gz
# ENST00000456328.2 100287102
$ zcat gencode.v29.metadata.EntrezGene.gz|wc -l
187070
$ zcat gencode.v29.metadata.EntrezGene.gz|cut -f 2|sort|uniq|wc -l
26673
# 一共有26673个Entrez ID
