ggplot2-R绘图基础

分析结果可视化是数据分析比较重要的一步。R绘图方法有多种，包括内置基础绘图系统、ggpubr包绘图，ggplot2绘图，lattice绘图等。关于R基础绘图、ggplot2绘图语法基本介绍。

R base graphic

R 基础绘图，需要在给定函数中一次性设定主要参数，而不能像ggplot的图形语法通过其他函数增加图层。

plot(
  x = iris$Sepal.Length, y = iris$Sepal.Width,
  pch = 19, cex = 0.8, frame = FALSE,
  xlab = "Sepal Length",ylab = "Sepal Width"
)

scatter plot using R base plot R base graphs

主要参数设置

• pch：改变点形状。 允许值包括1到25之间的数字。
• cex：改变点大小。 示例：cex = 0.8。
• col：改变点颜色。 示例：col =“blue”。
• frame：逻辑值。 frame = FALSE删除绘图面板边框。
• main，xlab，ylab。 分别指定主标题和x / y轴标签
• las：对于垂直x轴文本，使用las = 2。

R 绘图尺寸

重点在于理解英寸、分辨率、像素间的关系。

理解下面两种保存图片方法，他们的像素大小一致，但是分辨率和图片尺寸不同。

ggsave(filename = "foo300.png", ggplot(mtcars, aes(x=wt, y=mpg)) +
         geom_point(size=2, shape=23) + theme_bw(base_size = 10),
       width = 5, height = 4, dpi = 300, units = "in", device='png')
ggsave(filename = "foo150.png", ggplot(mtcars, aes(x=wt, y=mpg)) +
         geom_point(size=2, shape=23) + theme_bw(base_size = 10),
       width = 10, height = 8, dpi = 150, units = "in", device='png')

傻傻分不清楚的R绘图尺寸，一键答疑

---

ggplot2 图形语法

ggplot2由Hadley Wickham开发，ggplot2中的gg表示图形语法。根据ggplot2概念，绘图可以分为不同的基本部分：Plot = data + Aesthetics + Geometry,及其他常见参数。通过“+”组合不同命令。

• data：数据框
• Aesthetics ：用于表示x和y变量。它还可以用来控制点的颜色，大小和形状等......
• geometry：对应于图形类型（直方图，箱形图，线图，......）
• stats，统计变换，stat="identity",不作统计变换
• scale，标度
• coord，坐标系
• facet，分面

ggplot2 主要函数

ggplot2 箱线图比较分组p值

## Rstudio 中更新R版本
install.packages("installr")
library(installr)
updateR()

install.packages("ggplot2")
install.packages("ggpubr")
library(ggplot2)
library(ggpubr)
data("iris")
summary(iris)

# Groups that we want to compare
my_comparisons <- list(
  c("setosa", "versicolor"), c("versicolor", "virginica"),
  c("setosa", "virginica")
)
## x/y参数指数据集的变量名，而不是字符串
ggplot(iris,aes(x = Species, y = Sepal.Length))+
  geom_boxplot(aes(fill=Species))+
  scale_fill_manual(values = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"))+
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, method = "t.test")+
  theme_classic()

ggplot2 箱线图并比较P值

参考
ggplot2绘图学习-箱线图和小提琴图
ggplot2 pdf manual
R语言之可视化⑤R图形系统
R语言之可视化⑥R图形系统续