ChIP-seq简介
2019-06-17 本文已影响56人
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在B站上找到一个介绍ChIP-seq的视频：A gentle introduction to ChIP-Seq。
ChIP-seq用于鉴定能被某种蛋白质结合的基因组区域
第1步：将所有蛋白以及蛋白能结合的DNA固定下来
包括我们感兴趣的蛋白
也包括其他蛋白
第2步：将DNA打断至300bp的片段
第3步：用可以结合我们感兴趣的蛋白的抗体去结合这些片段，并吸附
第4步：除去各种蛋白
得到我们感兴趣的蛋白质可以特异结合的DNA片段
第5步：加接头测序
第6步：数据过滤+比对到基因组
比对之后，可以得到很多位置区间
第7步：确定peaks
仔细理解上面一句英文
注意
- 需要对照（ChIP-seq的实验部分是类似的，唯一的区别是没有抗体结合这一步）
- 结合基因组浏览器更直观
- 需要统计学显著
第8步：是否可以找出motif
第9步：结合peaks的位置（也就是蛋白结合DNA的位置）推测对于基因表达的影响
