ChIP-seq简介
2019-06-17 本文已影响56人
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在B站上找到一个介绍ChIP-seq的视频:A gentle introduction to ChIP-Seq。
ChIP-seq用于鉴定能被某种蛋白质结合的基因组区域
第1步:将所有蛋白以及蛋白能结合的DNA固定下来
包括我们感兴趣的蛋白
也包括其他蛋白
第2步:将DNA打断至300bp的片段
第3步:用可以结合我们感兴趣的蛋白
的抗体去结合这些片段,并吸附
第4步:除去各种蛋白
得到我们感兴趣的蛋白质可以特异结合的DNA片段
第5步:加接头测序
第6步:数据过滤+比对到基因组
比对之后,可以得到很多位置区间
第7步:确定peaks
仔细理解上面一句英文注意
- 需要对照(ChIP-seq的实验部分是类似的,唯一的区别是没有抗体结合这一步)
- 结合基因组浏览器更直观
- 需要统计学显著