分子生物学实验技术chip-seq

ChIP-seq简介

2019-06-17  本文已影响56人  TOP生物信息

在B站上找到一个介绍ChIP-seq的视频:A gentle introduction to ChIP-Seq

ChIP-seq用于鉴定能被某种蛋白质结合的基因组区域

第1步:将所有蛋白以及蛋白能结合的DNA固定下来

包括我们感兴趣的蛋白

也包括其他蛋白

第2步:将DNA打断至300bp的片段
第3步:用可以结合我们感兴趣的蛋白的抗体去结合这些片段,并吸附
第4步:除去各种蛋白

得到我们感兴趣的蛋白质可以特异结合的DNA片段

第5步:加接头测序
第6步:数据过滤+比对到基因组

比对之后,可以得到很多位置区间

第7步:确定peaks
仔细理解上面一句英文

注意

  1. 需要对照(ChIP-seq的实验部分是类似的,唯一的区别是没有抗体结合这一步)
  2. 结合基因组浏览器更直观
  3. 需要统计学显著
第8步:是否可以找出motif
第9步:结合peaks的位置(也就是蛋白结合DNA的位置)推测对于基因表达的影响
上一篇下一篇

猜你喜欢

热点阅读