ante-MMPBSA.py -p box.prmtop -c com.prmtop -s ":WAT,Cl-" --radii=mbondi2

ante-MMPBSA.py -p box.prmtop -c rec.prmtop -s ":WAT,Cl-,475" --radii=mbondi2

ante-MMPBSA.py -p box.prmtop -c lig.prmtop -s ":WAT,cl-,1-474" --radii=mbondi2

AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp box.prmtop -cp com.prmtop -rp rec.prmtop -lp lig.prmtop -y ../prod10.mdcrd

mpirun-np 20 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py.MPI -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp ../box.prmtop -cp ../complex.prmtop -rp ../receptor.prmtop -lp ../ligand.prmtop -y ../prod10.mdcrd > progress.log 2>&1

ante-MMPBSA.py -p box.prmtop -c com.prmtop -r rec.prmtop -l lig.prmtop -s ":WAT,Na+,Cl-" -n ":475"

-p 输入复合物拓扑文件

-c 处理后的复合物拓扑文件输出

-r 处理后的靶点拓扑文件输出

-l 处理后的配体拓扑文件输出

-s 需要提出的元素 除水,钠离子,氯离子

-n 配体所处的残基序列位置