admixture 群体结构分析

2019-01-09 本文已影响0人 zhusitao

群体遗传学中测的很多个个体，得到了最终的SNP vcf文件，需要将其分成群体，看那几个物种聚在一起，一般使用的软件就是STRUCTURE，

但是STREUTURE运行速度极慢，后面frappe软件提升了速度，但是也不是很快；admixture凭借其运算速度，成为了主流的分析软件。

admixture 软件一共分为5步：

# step 1 将vcf文件转化成ped文件

/USER/zhusitao/Software/vcftools-master/bin/vcftools --vcf total.final.snp.vcf --plink --out xj

# step 2 利用plink对ped文件进行过滤生成bed文件

/USER/zhusitao/Software/plink/plink --noweb --file xj --geno 0.05 --maf 0.05 --hwe 0.0001 --make-bed --out QC

# step 3 利用 admixture 计算

for K in 1 2 3 4 5 6 7;do /USER/zhusitao/Software/admixture_linux-1.3.0/admixture --cv QC.bed $K|tee log${K}.out;done

# step 4 besk K 交叉熵最小就是最佳的分群

grep -h CV log*.out

# step 5 R画图

tbl = read.table("/USER/zhusitao/Project/xj/reseq/result/11.admixture/QC.7.Q");

pdf("/USER/zhusitao/Project/xj/reseq/result/11.admixture/Q7.pdf")

barplot(t(as.matrix(tbl)),col= rainbow(7),xlab="Individual", ylab="Ancestry",border = NA,space = 0);

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