【最新汇总】单细胞转录组分析与绘图系列

分析

单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing

单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵

单细胞分析实录(3): Cell Hashing数据拆分

单细胞分析实录(4): doublet检测

单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据

单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释

SingleR如何使用自定义的参考集

单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）

单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形（二）

单细胞分析实录(10): 消除细胞周期的影响

单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法

单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞

单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化

单细胞分析实录(14): 细胞类型注释的另一种思路 — CellID

单细胞分析实录(15): 基于monocle2的拟时序分析

单细胞分析实录(16): 非负矩阵分解(NMF)检测细胞异质性

单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示

单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)

单细胞分析实录(19): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (下篇)

【代码更新】单细胞分析实录(20): 将多个样本的CNV定位到染色体臂，并画热图

【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现，只需两步，啥图都有

高级绘图

01.marker展示_聚类和热图组合

02.marker展示_堆叠小提琴图

03.两组比较_差异基因数目展示

04.两组比较_差异基因展示

B站视频教程

【B站首秀】Seurat标准流程

中国的"NCBI"

SingleR如何使用自定义的参考集

单细胞转录组绘图视频教程（B站收藏量破千，观看量近万）

跟着Cell Research学单细胞分析：箱型图、小提琴图、误差棒，总有一款适合你

跟着Cell Research学单细胞分析：以小提琴图、热图为例

单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示

【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现，只需两步，啥图都有

文献解读

文献(1): Cell_早期复发肝细胞癌的单细胞图谱

文献(2): 综述_癌症相关成纤维细胞(CAF)的异质性【建议收藏】

文献(3): IF=13|单细胞测序揭示泛-神经母细胞瘤特征

文献(4): Nature子刊_晚期非小细胞肺癌的单细胞图谱

文献(5): 单细胞转录组揭示人类纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性

文献(6): 原发性肝癌空间结构综合分析

文献(7): 在非小细胞肺癌中，浆细胞signature可用于PD-L1免疫治疗的响应预测

杂说

什么是轨迹推断 / 拟时序分析

答读者问(1)：非模式物种找marker；如何根据marker定义细胞类型

答读者问(2)：细胞cluster没有聚在一起；去不去批次效应

答读者问(4)：inferCNV的几个问题

答读者问(5)：提取monocle2的拟时序/坐标重新画图

Cerebro：一个好用的单细胞数据展示shiny工具

你会怎样总结你的2021年？

他山之石

免疫学基础——人类免疫细胞及其marker

一文解决单细胞亚群注释的所有问题

Tutorial | 单细胞转录组数据【细胞注释指南】

GRNdb：单细胞水平的基因调控网络数据库

2022NAR数据库特刊：单细胞数据库合辑

单细胞数据库：好用不踩坑的单细胞数据库合集

Nature子刊 | 适用于生物学研究人员的机器学习指南（上）

Nature子刊 | 适用于生物学研究人员的机器学习指南（下）

未完待续...