第5天回趟家，surface突然抽风，弄了好久终于无限重启好了。
以下内容均引用自微信公众号生信星球

思维导图

写在前面

• 1.在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
• 2.向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
• 3.表格在R语言中叫数据框
• 4.数据类型：

向量，矩阵，数组，数据框，list

向量

• 1.“元素”的意思，元素指的是数字或者字符串（用chr表示）

标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量

x<-c(1,2,3) #把1，2，3组成的向量定义为X。
x<-(1:10) #从1-10之间所有的整数
x<-seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意这里是逗号不是分号）
x<-rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次

• 2.从向量中提取元素
• a.根据位置

#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了……
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

• b.根据值的大小

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

数据框（重要）

• 1.读取实例数据框：
  X<-read.csv('doudou.txt')
• 也可用read.table

read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T) #读取文件，分隔符为Tab，有表头 

a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)#把这个数据框赋给一个变量a 

• 2.设置列名和行名

X<-read.csv('doudou.txt') 
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"damon"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

（用read.table命令可以撤销修改,重载）

• 3.数据框导出

write.table(X,file = "damon.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号） 

damon.txt

• 4.保存数据

save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一个变量
load("frame1.RData")#再次使用RData时的加载命令

• 5.提取元素

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列（横着写第y列）
- X[y] #第y列（竖着写第y列）
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（只能提取一列）

• 6.直接使用数据框中的变量
  提取某两列作散点图,A,B列:

c <-data.frame(A=paste("S",c(1:50)),B=runif(50))
> plot(c$A,c$B)

• 简洁方法，
• 1.attach

将数据框名添加到搜索环境中：attach（c）,作图时就只需输入列名(连$都不用了)。

attach(c)
plot(A,B)

• 2.with

with(c,{
+ plot(A,B)
x<<-summary(B)   #赋值给x,<<的意思是作为全局变量，也就是出了with循环仍有效。
})
x #运行完后输出x

（跑出来了还不太理解，先把作业交了，破电脑）