vcftools常见用法
2022-12-23 本文已影响0人
pumpkinC
1. 提取某份材料的vcf文件
vcftools --gzvcf A03.inv.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout --indv ECD04 > ECD04.vcf
2. 提取部分材料的vcf文件
/120t/caix/miniconda3/bin/vcftools --gzvcf 21SBR.JZS.snp.miss01MAF005.plink.vcf.gz --keep BraTypes.revised.lst.id --maf 0.000001 --recode --recode-INFO-all --out 21SBR.snp.0706
bgzip 21SBR.snp.0706.recode.vcf
tabix -p vcf 21SBR.snp.0706.recode.vcf.gz
3. 按照染色体提取VCF
/120t/caix/miniconda3/bin/vcftools --gzvcf 21SBR.snp.0706.recode.vcf.gz --chr A01 --recode --recode-INFO-all --out 21SBR.snp.0706.A01
bgzip 21SBR.snp.0706.A01.recode.vcf
tabix -p vcf 21SBR.snp.0706.A01.recode.vcf.gz
4. 按照染色体指定区域的vcf
vcftools --gzvcf 21SBR.JZS.snp.miss01MAF005.plink.vcf.gz --chr A09 --from-bp 5737990 --to-bp 7478924 --out INV1 --recode --recode-INFO-all
bgzip INV1.recode.vcf
tabix -p vcf INV1.recode.vcf.gz
