软件1 —— conda

一、 基本介绍

Conda是一个开源的包管理系统和环境管理系统，可在Windows、macOS和Linux上运行。 Conda可快速安装、运行和更新包及其依赖项，可以轻松地在计算机上创建、保存、加载和切换环境。它是为Python程序而创造的，但现在它可以打包和分发任何语言的软件。简单来说，conda可以让我们一行命令安装更新卸载程序，以及进行环境管理。

二、 使用方法

(1) 安装conda

$ sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

(2) 添加频道

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels bioconda  #官方的，可以不添加
conda config --add channels conda-forge  #官方的，可以不添加

注意，添加一组就可以了，不要重复添加，冗余的频道会让安装软件的过程变慢。顺序是有意义的，后添加的优先程度高。如果添加一个已经添加过的频道，conda会把这一频道的优先级提前。添加的频道写到了~/.condarc里面，先添加的频道会到最下面，后添加的频道排前面，优先程度高。

conda clean -i  #更换频道时先运行这一条，删除索引缓存
conda clean -p  #删除从未使用的包
conda clean -t  #删除tar打包(cached package tarballs)
conda clean -a  #删除index cache, lock files, unused cache packages, and tarballs

(3) 查看已添加的频道

conda config --get channels  # vi .condarc
cat .condarc

(4) 创建新环境

conda create -n bioinfo

(5) 激活环境

conda activate bioinfo

(6) 安装软件

# conda install [-c CHANNEL] 软件名=版本号
conda search fastqc  #查看有哪些可以安装的版本，默认安装最新版
conda install fastqc
conda install fastqc multiqc trim-galore  #多个软件可以一起安装
conda install -c hcc aspera-cli  # -c指定安装频道
conda install -y fastqc  # -y跳过确认步骤
conda install -c bioconda samtools=1.9 --force-reinstal  #安装指定版本的软件
conda install -p ~/biosoft/samtools samtools  # -p将软件安装到指定位置

(7) 查看该环境安装的软件

conda list
conda list ^py*  #可以用正则表达式
conda list -n envname  #查看指定的环境的软件

(8) 更新该环境安装的软件

conda update bcftools
conda update --all  # mamba update --all

(9) 删除环境中安装的软件

conda remove fastqc  #删除该环境下的软件
conda remove -n envname fastqc  #删除特定环境下的软件

(10) 关闭环境

conda deactivate

(11) 查看已有的环境

conda env list

(12) 复制某个环境

conda create -n newenv --clone oldenv

(13) 删除某个环境及安装的包

conda remove -n bioinf4 --all  # rm -rf ~/miniconda3/envs/bioinf4/

(14) 更新conda

conda update conda

(15) 版本控制和迁移

conda list -n envname --export > conda_envname_list.txt  #导出环境中安装的包的列表，格式为：软件名=版本号=build
conda create -n newenvname -file conda_envname_list.txt  #安装导出的信息

三、 使用mamba

(1) 安装mamba

conda activate base conda install mamba
#装在base环境中的包在小环境中依然可以调用，因此不需要在每个环境里都安装一遍

(2) 使用manba

#除启动环境外(conda activate envname)，所有conda的命令都可以用mamba来代替
mamba search fastqc  # mamba repoquery search fastqc
mamba install fastqc

(3) 查看依赖关系

mamba repoquery depends -t samtools  #该软件依赖谁
mamba repoquery whoneeds -t python  #谁依赖该软件