将这个错误记录在这里防止更多的人犯错。

前段时间，我因为需要计算4dTv的值，在百度上搜索是排名第一的是这篇文章：

《如何计算kaks值和4dtv值》

所用脚本: calculate_4DTV_correction.pl

里面使用到一个脚本：calculate_4DTV_correction.pl，估计很多同样要计算4dTv的小伙伴们就下载下来准备用它来计算了。但是评论区有位细心的小伙伴发现了一个错误，让准备拿这个脚本开始工作的我吓出一身冷汗（还好没有直接拿来用）

查看一下它使用的密码子表：

果然这里一会儿是DNA codon，一会儿又变成RNA codon，显然这样计算会漏掉很多信息。

正确的代码

如果你是拿cds来计算4dTv，就使用DNA codon，下面这个版本应该可以应付大多数人的情况了

（将下面的代码替换原代码）

my %codons=(

'CTT'=>'L', 'CTC'=>'L', 'CTA'=>'L', 'CTG'=>'L',

'GTT'=>'V', 'GTC'=>'V', 'GTA'=>'V', 'GTG'=>'V',

'TCT'=>'S', 'TCC'=>'S', 'TCA'=>'S', 'TCG'=>'S',

'CCT'=>'P', 'CCC'=>'P', 'CCA'=>'P', 'CCG'=>'P',

'ACT'=>'T', 'ACC'=>'T', 'ACA'=>'T', 'ACG'=>'T',

'GCT'=>'A', 'GCC'=>'A', 'GCA'=>'A', 'GCG'=>'A',

'CGT'=>'R', 'CGC'=>'R', 'CGA'=>'R', 'CGG'=>'R',

'GGT'=>'G', 'GGC'=>'G', 'GGA'=>'G', 'GGG'=>'G'

);

(如果你的序列是RNA，只要修改成 RNA codon 就好）

后来我查了一下这个脚本，找到了它的GitHub页面，没想到也是错误的，issue里面也没有人提出这个错误：

https://github.com/JinfengChen/Scripts/blob/master/FFgenome/03.evolution/distance_kaks_4dtv/bin/calculate_4DTV_correction.pl。

再看了一下网上其他关于计算4dTv的教程，很多都使用的是这个脚本，下边清一色的评论都是感谢楼主的，拿来脚本就开始算啊。可能大家做生信的时候已经焦头烂额了，根本没有人注意到这个问题。不知道误导了多少人，估计最近发的文章里，可能不少4dTv值都是这样被错误地计算出来的。

最后还要感谢《如何计算kaks值和4dtv值》这篇文章的作者 Davey1220，还有下面的评论纠错老哥zrgbuct