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在windows使用Aspera上传数据到NCBI

2020-05-29  本文已影响0人  JeremyL

#1 安装Aspera

下载地址:https://downloads.asperasoft.com/connect2/
NCBI首页也有提供下载:

NCBI Aapera

到了下面这个页面,一步一步操作:


See the source image

#2 使用Aspera上传数据

##2.1 上传数据时,NCBI上建议的命令行:

ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:xxx

##2.2 ascp.exe

在本地找到ascp.exe程序位置,我的位置:C:\Users\用户名\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\bin,找不到就搜索一下。

进入ascp.exe所在位置:
cd C:\Users\用户名\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\bin
查看参数
ascp -h
Usage: ascp.exe [OPTION] SRC... DEST                                                            SRC to DEST, or multiple SRC to DEST dir                                                  SRC, DEST format: [[user@]host:]PATH 

-h,--help                       Display usage
-i PRIVATE-KEY-FILE             密钥 (id_rsa)
-l MAX-RATE                     上传最大速度
-d                              存放数据的文件夹

##2.3 修改命令:

ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:xxx

<path/to/key_file>: Aspera密钥(asperaweb_id_dsa.openssh)所在位置,asperaweb_id_dsa.openssh在Aspera\Aspera Connect\etc下,将这个文件复制到目录./Aspera下;现在路径为:C:\Users\用户名\AppData\Local\Programs\Aspera\asperaweb_id_dsa.openssh

修改反斜杠:
C:/Users/用户名/AppData/Local/Programs/Aspera/asperaweb_id_dsa.openssh
<path/to/folder/containing files>: 存放测序数据的文件夹

xxx: NCBI已经提供

##2.4 注意:

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