CTD数据库了解一下，分析你还少了这张图（基因-药物-疾病）

好的，懂了，大家都赶时间，直接上图。

用于治疗翼状胬肉病的相关药物与差异基因互作图，源自Biomed Research International（IF=2.476）杂志的文章。

这是一篇典型的纯生信类文章，包含了热图、火山图、韦恩图、GO分析以及PPI网络互作图等。文章具体内容，非今日要事，恕大雄不再赘述，如有复议，请移步至SCI海盗网（http://sci-hub.tw），可自行download一下，沏上一盏碧螺春，放几支小曲儿，细品慢酌，甚是舒坦。

小白：这张网络互作图有什么作用？

遁入空门的大雄：懂的人都懂，知之为已知之，“短平快”的生信类文章中多放一张图并不是我们的目标，我们的目标是……

今日要事：介绍一个强大的、公开的数据库The Comparative Toxicogenomics Database（CTD ，网址https://ctdbase.org）。

不得不叹服DavisVP这位作者，从2011-2019年期间，有关CTD数据库的文章每两年发一篇，每次都发NUCLEIC ACIDS RESEARCH（IF=10.162）。

首先，我们来看一下2019年CTD数据库的变化

一、增加了数据库的数据

二、新添加了药物与表型关系的模块（chemical-phenotype module）。举个例子，想知道某药物是促进了细胞的增殖，还是抑制了细胞的增殖，其凋亡进程是否受到影响等，都可以通过此模块查询。

三、使用方法

举个例子，搜索一下叶酸对人的哪些细胞产生影响，其表型发生什么变化？

选择‘Chemical -Phenotype Interactions’模块；

在‘Chemical’栏中直接输入药物名称，或者点击右边的‘Select’进行查找，点击‘Use’选取药物；

同理，研究对象‘Anatomy’选择细胞系（亦可在‘Select’中选择具体的细胞系），物种选择人：9606，点击‘Search’;

搜索结果如下；

除了搜索到叶酸外，药物中还出现了一些不速之客（如：leucovorin,Formyltetrahydrofolates），可以在网站底部下载数据进行筛选；

接下来，我们来看看如何获得治疗翼状胬肉病的互作图数据。

  搜索类型为‘Disease’，输入疾病名称，点击‘Search’；

 数据库提供了多种翼状胬肉病，这里我选择第一个‘Pterygium’；

切换至‘Chemical-Gene Interactions’,这时候就搜索到与翼状胬肉病相关的药物以及互作的基因了，在网站底部可以下载相应的数据，筛选共有基因，把“药物-基因”的节点关系导入Cytoscape网络中，依据Fold Change值调整节点颜色，就能制作出翼状胬肉病的相关药物与差异基因互作图。

最后，闲聊一下。CTD数据库旨在阐明基因-药物-疾病三者间的相关联系，整体设计还是很人性化的，使用起来也比较简单。数据库的数据量比较大，疾病不再限于肿瘤和常见病，还增加了罕见病数据，这是比较难得的；样本‘Anatomy’类型包含了多种细胞系，组织，外泌体等；物种类型也有多种选择；每两年更新一次，数据有效性可以得到很好的保障；最后，搜索到的每条信息都提供了参考文献，便于回溯。还有很多内容没能在此详述，感兴趣的可自行摸索，希望CTD能够帮到各位。Last but not least，引用作者的文献是对他们付出最好的支持。

这期的内容就到这里了，嘿~嘿~嘿~呼~~~打完收工，下期见。

原创： 大雄 

来源：卡序生物微信公众号