生物医学图像语义分割(一)FCN

2017-07-24 本文已影响1077人 Efackw13

Index

Introduction
Analysis
FC layer -> Convolutional layer
Fine tune
Up-Sampling
Skip-layer

Introduction

CVPR2015最佳论文<Fully Convolutional Networks for Semantic Segmentation>介绍了FCN网络用于语义分割。该论文提出了端对端的FCN（全卷积网络），使用了pixel级别的预测以及有监督学习预训练。此外，论文中的网络可以接受任意大小的图片输入。

通常的CNN网络包含以下结构: [INPUT - CONV - RELU - POOL - FC].

卷积层 convolution
ReLu
池化层 pooling
全连接层 fully connected

在论文中，FCN将全连接层替换为卷积层和转置卷积层，端对端得生成语义分割图像。如下图：

FCN

Analysis

FC layer -> Convolutional layer

卷积层与全连接层的区别在于，卷积层是局部感知并且共享权值的。也就是说，卷积层在某个时刻只作用于某个局部区域，通过移动filter，来达到不同的局部区域共享权值。而在全连接层中，比如32个神经元连接到64个神经元时候，有[32x64]个权值，即每一个输入层都与每一个输出层连接，并有自己的权值。
实际上，由于全连接层与卷积层与输入的计算方式都为点乘，因此可以实现全连接层与卷积层的相互转换：

对于每一个卷积层conv，都有全连接层fc与其表示相同的forward function。此时fc中大多数区域都为0，只存在某些块有值（由于局部连接）。而这些块的值相同（由于共享权值）。
同样的，对于每一个fc，都有conv与其表示相同的forward function。例如，当输入为[7x7x512]时，假设fc输出层size为4096，则有7x7x512x4096个weights. 此时用conv层代替fc，则filter为[7x7x512], strides=1, padding=0, 输出size为[1x1x4096]。

Fine-tune

文章采用了fine-tune的方法，采用了在ImagenNet训练好的VGG，AlexNet，GoogLeNet。具体来讲，文章对训练好的模型全连接层进行fine-tune，将训练好模型最后的全连接层变为卷积层以及Up-sampling层，再对其进行训练。
Fine-tune一般分为下面几种情况：
（1）新数据集小而且与原数据集相似。由于数据集小，容易出现过拟合的问题，此时不应该对ConvNet进行fine-tune，而是将训练好的模型作为特征提取模型，然后再对提取的特征训练一个线性分类器如（SVM，Softmax分类器等）。
（2）新数据集很大并且与原数据集相似。此时由于有更多的数据，我们不需要担心过拟合问题，因此可以对整个网络进行fine-tune。
（3）新数据集很小但是与原数据集很不相同。由于数据集很小，我们同样只训练一个线性分类器。但是此时数据集和原数据集差别较大，我们使用训练好的网络浅层提取的特征来训练线性分类器，而非使用深层特征。CNN深层卷积核通常会提取更高维的特征。这些高维特征与数据集是相对应的，如AlexNet中，可能存在能够提取狗胡子特征的卷积核，而我们的新数据是关于车辆识别时，就不应该使用高维特征。
（4）新数据集很大而且与原数据集相差较大。此时我们可以从头训练一个CNN网络，将大数据集训练好的CNN网络参数用于初始化新模型参数。

更多关于Fine-tune的内容可以等待正在写的一篇关于迁移学习的文章。（此处应有链接）

Up-Sampling

Up-Sampling（升采样）是Deconvolution的应用之一。在FCN中，池化造成了图像尺寸成倍缩小，要端对端得生成分割图像，则需要升采样，在这里的语义下，也就是Deconvolution（逆卷积）。
Deconvolution（逆卷积）还有一个叫法为转置卷积（在tensorflow中）。转置卷积是卷积做相反的正向和反向传播操作。
卷积操作时，令y = Cx，其中C为weights矩阵。则反向传播时候:

equation.png

在Deconvolution的情况下，正向传播y‘=C_Tx', 反向传播为C乘偏导。
Deconvolution还可以应用在无监督学习以及卷积可视化中

Skip-layer

实验发现，直接对训练好的VGG16进行fine-tune并在最后进行up-sampling的效果并不好，如下图：

FCN results

FCN-32s即为FCN-VGG16，其中32s代表其strides=32。CNN低维提取的信息包含更多局部信息如location，而高维信息则包含了全局的信息如该物体是什么。文章中添加了skips，将浅层的特征与最后结果相加，得到最终图像。其结构如下：

Structure

举例来说，对于FCN-16s，pool4得到的特征图的尺寸为原图像的1/2^4 （经历了四次池化），而conv7得到的特征图尺寸为原图像的1/2^5 （经历了五次池化)，此时，将conv7通过一个2x的up-sampling层，得到1/2^4的特征图，再与pool4特征图相加，然后用一个16x的up-sampling，得到与原图同样大小的输出，进行pixel级训练。
有时间会讲解FCN的tensorflow或者torch代码。

系列文章包括：

生物医学图像语义分割(一)FCN
生物医学图像语义分割(二)U-Net
生物医学图像语义分割(三)CVPR2017-Fine-tuning Convolutional Neural Networks for Biomedical Image Analysis: Actively and Incrementally