2019-11-14RAST----用于注释原核基因组以及完整噬
2019-11-14 本文已影响0人
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1.what is RAST?
RAST(使用子系统技术的快速注释)是用于注释完整或几乎完整的组装的原核基因组以及完整噬菌体或质粒的一个工具，但它不能分析真核，小片段的基因组。 它为整个系统树中的这些基因组提供了高质量的基因组注释。
2.how to use？
RAST网站：http://rast.nmpdr.org/
(1)注册：
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注册完成后到邮箱查看账号与密码(有点慢),然后登录。
(2)step1:上传你要注释的基因组文件，要求为fasta或者Genbank格式
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go to setp 2 后会生成如下的重叠群统计
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(3)step2:填写基因组的信息
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Taxonomy ID(分类ID):
如果您输入有效的NCBI分类标准ID，然后单击“Fill in form based on NCBI taxonomy-ID”，RAST将尝试自动填写以下表格。如果您不知道基因组的taxonomy-ID，请将分类法ID字段留空，然后手动填写这些字段。
Taxonomy string(分类字符串):如果留为空白，RAST将根据下面的表格条目填写“Domain; genus;species;strain”。
Domain:根据实际情况选择。
Genus(属)：如果不知道，默认为Unknown
Species(种)：如果不知道，默认为sp.
Strain:可选。
Genetic Code:如果不是下面四个选第一个。
然后go to step 3
(4) Finish the upload:下面的信息根据实际需要填，然后可以在View job status看结果(需要一定时间)
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然后view dtails就可以下载结果(支持多种格式下载)
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