awk多文件处理时的分隔符？
2021-07-07 本文已影响0人
生物信息与育种
问题来源
我有两个文件，一个是plink过滤后得到的.fam文件（空格分隔）；另一个是样本对应关系文件（tab分隔）。
文件1：
image.png
文件2：
image.png
两个文件匹配，awk常规操作。这里我想要保留文件2中和文件1第一二列匹配得到的样本（匹配后文件2的第一列）。当然这里两个文件数目是一样的，所以应该全部匹配才对（测试用）。
常规操作：
awk '{if(NR==FNR){a[$1]}else if($2 in a)print $1}' file1.fam file2
image.png
发现少了两个样本，空格符分开的两个样。
定义下输入（FS）输出（OFS）：
awk -v FS=' ' -v OFS='\t' '{if(NR==FNR){a[$1]}else if($2 in a)print $1}' file1.fam file2
结果是一样的，因为输入的分隔符一样。
当空白格和tab同时存在时，如何定义？如何得到正确的结果？
解决方法
在对应文件前分别指定FS即可。
awk '{if(NR==FNR){a[$1]}else if($2 in a)print $1}' FS=" " file1.fam FS="\t" file2
image.png
