5Autodock使用：展示结果文件（20180707）

1.首先删除已经导入的文件

Edit--delete--delete all molecules---continue

2.然后

Analyze--Docking--open--找到刚才的最终结果打开--确定

3.再打开蛋白质分子

Analyze-Macromolecule--open确定--找到文件下面的protein.pdbqt

现在小分子的位置是docking之前的位置

4.看docking之后的位置

Analyze--Conformation--play.tanked by energy---

出现一个进度条，将结果按能量由低到高显示出来

（灰色位于蛋白质中部）

点play可以看到前50个对接结果

5.点击Analyze--Clusterings--show--

看各个能量分组下的docking的个数，

6.看排名第一的docking结果的状态，

把进度条数字调成1，回车--Analyze--Docking--Open--show interaction

这是可以看到小分子与蛋白质上的那些氨基酸docking了（这个图可以发表）还会列出产生氢键的位置--

7.保存排名第一的状态，要删除除小分子以外的全部物质

Edit--Delete--Delete Molecular-删掉除小分子以外的其他物质（protein）--确定

在点击file--save--write pdb--选择保存的目录和文件名（rank1.pdbpdb）--ok

这样文件夹下面就有了对接的pdb文件了。

用记事本打开rank.pdb文件

把里面的内容（不包含第一行）拷贝到，protein.pdb文件（用记事本打开）的最后（注意：END的前面）。