利用GalaxyFill补全蛋白
2018-03-18 本文已影响6人
生信杂谈
GalaxyFill是一个项目用来进行对蛋白的缺失结构进行补全。其功能我觉得非常强大，比如用来进行蛋白的延长，甚至进行融合蛋白的制作。
使用Galaxy需要为Linux 64-bit位系统
请注意无法补全中间的缺失结构
安装
- 下载
GalaxyFill项目:
wget https://github.com/seoklab/GalaxyFill/archive/master.zip
- 解压
unzip master.zip
#修改名字
mv GalaxyFill_master/ GalaxyFill
- 设置环境变量
gedit ~/.bashrc
##增加如下行，需要根据自己进行修改
## GalaxyFill
## export GALAXY_HOME=/home/kangsgo/install/GalaxyFill
source ~/.bashrc
使用
使用方法如下:
使用：
$GALAXY_HOME/bin/GalaxyFill [-h] [-p INPUT PDB File] [-s INPUT FASTA File]
输入参数和设置:
-p or --pdb : Input protein structure file in PDB format (mendatory)
-s or --seq : Input protein sequence file in FASTA format (mendatory)
-o or --out : Output protein structure file name (optional, default=${Input PDB prefix}_fill.pdb)
-t or --title : Running title for GalaxyFill (optional, default=${Input PDB prefix})
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