叶绿体基因组重点关注

修改PGA,让你的叶绿体gb文件不再有问题

2021-04-13  本文已影响0人  今天没回家

很多人会使用PGA进行叶绿体基因组注释,但是PGA产生的genbank文件不够规范,对其进行以下修改,能解决很多问题:

vi PGA.pl

2078行开始改
        my $num_blank=20-length($filename);
        my $my_blank=" "x$num_blank ;
        print $out_annotation "LOCUS       $filename $my_blank $length_cp bp    DNA     $type PLN $time"."\n";
修改前
修改后
用修改后的PGA.pl产生的gb文件
==> output1/sequence.gb <==
LOCUS       sequence              160301 bp    DNA     circular PLN 13-APR-2021

用修改前的PGA.pl产生的gb文件
==> output2/sequence.gb <==
LOCUS       sequence  160301 bp    DNA     circular PLN 13-APR-2021

差别主要在第一行,修改后的才是符合标准的
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