用samtools+bedtools快速计算不同区域中的变异数量

在做生物信息分析时，我们经常会用到滑动窗口统计不同区间内的变异数量，但是对于生物信息初学者（不具备编程能力）存在一定难度，这里有简单便捷实现滑动窗口的方法。

1. 通过samtools获取基因组中个条染色体的长度

samtools faidx Brapa.fa

2. 通过bedtools生成区域文件

#生成500kb的区域
bedtools makewindows -g Brapa.fai -w 500000 > region.bed

3. 输入vcf文件，用bedtools计算每个区域存在的变异个数

bedtools coverage -a region.bed -b aaa.vcf -counts > aaa.vcf_500kb_window.txt