单细胞转录组-轨迹分析
2021-12-15 本文已影响0人
大魔王鱼鱼鱼
URD
官方说明：
https://github.com/farrellja/URD/blob/master/Analyses/QuickStart/URD-QuickStart-AxialMesoderm.md
其中有一步buildTree需要注意，tips.use参数最好是给定数字型，比如1:3之类的，我之前使用细胞注释（character）导致这一步报错进行不下去。
Slingshot
官方说明：
https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/slingshot/inst/doc/vignette.html
结果图主要有两种
（1）line
image.png
（2）curve
image.png
monocle2
monocle3
官方说明：https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/docs/trajectories/
很多时候我们并不想使用monocle3的降维聚类结果，那么如何在seurat的umap坐标基础上进行轨迹预测呢？这也是可以办到的，后面来更新。
