TBtools攻略WGCNA分析

超高速 WGCNA-基因共表达网络分析 ~

2022-12-18  本文已影响0人  生信石头

前述,我们提起,王骁老铁开发了一个 TBtools-Rplugin。这个 Plugin 事实上是一个 R ShinyApp。使用这个插件,几乎所有人可以在自己的电脑上轻松完成基因共表达网络分析。
当然,有时候跑起来速度还是比较慢,尤其是 TOM 矩阵计算一步。或许一些CPU比较弱的电脑,需要大半个小时。然而,这并不是没有解法。一两年前,老王就与我说了一个解法,但这个解法操作相对繁琐,有可能让用户懵逼。至少,我自己也觉得风险挺大,没尝试过。
但是呢,确实一直由用户插件使用过程中遇到的一些问题,在我软磨硬泡下,终于说动老王,我们搞个大更新。其中,也就包括这个超级加速。
鼓捣了一天,完全搞定,现在所有的 TBtools 用户,可以卸载已经安装包的 Rserver 插件,重新从插件商店安装 Rserver.plugin。如此,就可以实现几乎所有 R 语言插件的极大加速。比如 WGCNA 分析,可能你原本需要30分钟才能跑完一个分析,现在只要30秒....而且结果完全一样...你说吓人不吓人?!
OK,事就这么一个事。最近也没啥好推送的。我上个月就说了,这两个月躺平,所以没啥高质量推文。求投稿啊老铁们。
最后,至于 TBtools - WGCNAshiny 插件的使用教程,见

https://www.jianshu.com/p/f12baed1405f
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