生信星球培训第130期

学习小组DAY4笔记 R语言基础-嗷呜

2022-03-06  本文已影响0人  嗷呜嗷呜www

今天学习的内容是R和Rstudio的安装,以及R的基础操作。学习资源主要有:

  1. 当Rstudio杠上中文用户名
  2. 给自己一个全新的R语言环境

一、认识R与Rstudio

二、安装R与Rstudio

我的电脑之前已经安装了这两个软件,为了学习的完整性,还是要梳理一下整个安装的过程。并且,安装会涉及用户名中英文的问题,我在首次安装的时候没有遇到,这次记录了如果用户名是英文,该怎么修改的方法。

1. 查看电脑用户名是中文还是英文

查看任意一个桌面文件的路径,Desktop的上一级就是用户名。

2. 修改用户名

如果用户名是中文,则需要修改
电脑搜索栏 - 控制面板 - 环境变量 - 修改TEMP、TMP为不带中文的路径 - 重启电脑

注:所有自己的重要文件要云备份:坚果云、iCloud云盘都是非常好的双向同步云

3.下载R与Rstudio
登录官网后,按文末思维导图的指引进行操作,比较简单,不赘述。下载好之后,打开Rstudio,界面长这样: Rstudio界面.png

三、Rstudio基本操作

1. 设置字体大小

Tools - Global Options - Appearance

2. 用Rproject管理工作目录

新建project - New Directory - New project - 设置文件名、路径 - 在文件夹里打开project

3. 显示文件列表

getwd:显示当前路径
setwd:设置当前路径,注意,直接复制电脑的路径过来,要把/改为\,否则识别不了
dir()list.files():显示当前路径有哪些文件

4.数学运算

加:a+b
减:a-b
乘:a*b
除:a/b
平方:a^b
开方:sqrt()
求绝对值:abs()
取对数:loga(b)

5. 赋值

<-->赋值,箭头指向对象,Alt+-可以打出。例如:x <-5

6. 删除

删除对象:rm()
删除所有变量:rm(list = ls())

7. 历史命令

history()

8. 清空控制台

Ctrl+l

四、尝试做几个图

  1. plot()函数
    详情参考:

plot()函数是基础 R 包 graphics 里的函数,对于绘制一些简单基础的图形完全可以,想要绘制复杂一点的也是完全可以。


图源:微信公众号老俊俊的生信笔记
图源:微信公众号老俊俊的生信笔记

做一个图试试:代码如下

a<-c(1:5)
b<-c(2:6)
plot(a,b,type = "p",main="图1",xlab="横轴",ylab="纵轴",col="red")

定义变量a为1到5的整数,定义变量b为2到6的整数,图的类型是点图,标题为“图1”,横轴标注为“横轴”,纵轴标注为“纵轴”,图形颜色是红色。

结果如下: 图1
  1. rnorm()函数
    rnorm(n, mean = 0, sd = 1)
    n 为产生随机值个数(长度),mean 是平均数, sd 是标准差 ,rnorm() 函数呈随机正态分布,随机抽样或者取值 n 次。
    plot(rnorm(10,5,1))的图像如下:

    图2
  2. runif()函数
    runif()和rnorm()都是用于随机生成数值的函数,但是有区别。注意对比两者图像的差异。
    runif(n, min = 0, max = 1)
    n为产生随机值的个数,min为最小值,max为最大值。
    plot(runif(10,1,5))的图像如下:

    图3.PNG
  3. boxplot()函数
    boxplot()用于绘制箱线图。可给出变量的中心趋势,发散情况和离群值。
    箱子中间的线代表中位数,表示平均水平;箱子上下两条边分别代表第三、第一个四分位数,箱子的长度可反应数据的离散情况;箱子外的上下两条线代表最大最小值,线外的点可能为离群值。
    boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))
    表示绘制一个箱线图,呈现不同种类鸢尾花的花萼长度的统计情况,箱子的颜色分别为浅蓝,浅黄,浅粉。

    图4
    :iris是一个R语言自带的数据框,通常用作示例。iris$Sepal.Length表示iris数据框的Sepal.Length这一列数据。以此类推。
最后上一张今天的思维导图: Day4思维导图
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