igv修改思路

2020-10-26  本文已影响0人  byejya

增加track  参考AlignmentTrack类,但该类比较大,可以参考两个比较小的 CoverageTrack 和 SpliceJunctionTrack。

增加右键popupmenu选项,用来显示新增的track   参考:SpliceJunctionTrack类,该类是附加类,通过右键调出的popupmenu选择显示

解决显示问题:AlignmentRender类中的画图方法有定义超出边界的部分处理方式,但是我画的是圆环,当到边界部分时该怎么显示的问题还没想出好的解决办法。参考:AlignmentRender类

要解决的问题还有:

画图问题:

gap  cilp  insertion 在环形中的画法,在线性的里是drawline 在环形画弧应该可以解决。

解决名称指代问题:

block  track中的rect到底多大范围(尝试通过上色显示) 缩放比例locscale的大小及具体作用  interval的含义 insertioninterval 

计划:

将sam下的类都过一下,主要是CoverageTrack 和 SpliceJunctionTrack,以及一些基础类,对照AlignmentTrack看。注意对track上色,或者找个能增加源码阅读效率的办法,最好像写网页时的即时查看工具那样。

先打包一下尝试改动些地方,看能否运行,再上色看rect大小,再加个track测试能否显示,

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