单细胞基因可视化之小提琴图

2022-03-03 本文已影响0人 KS科研分享与服务

完成单细胞定群后，就可以做很多东西了，首先可视化marker基因，这是很多单细胞文章中不可或缺的一部分，当然，marker基因的可视化可以拓展到对任意自己感兴趣基因的可视化。

小提琴图是其中的一种。Seurat自带函数VlnPlot可以进行基因可视化，其实在前面QC结果的战事中已经使用过一次了。

VlnPlot(scedata, 
        features = c("RAMP2","VWF","PECAM1","LUM"),
        pt.size = 0,
        ncol = 2)

image

通过添加split.by参数，VlnPlot可以显示基因在各个样本中的表达情况。

VlnPlot(scedata, 
        features = c("RAMP2","VWF","PECAM1","LUM"),
        pt.size = 0,
        ncol = 2,
        split.by = "orig.ident")

image

但是，VlnPlot有一个问题就是，只能展示单个图，不能批量展示基因的表达。不能实现很多文章中出现堆叠的效果。这就需要额外的修饰改造达到这种效果。这里我们提供两种方法可以近似获得堆叠小提琴图效果（图A，B），但细节问题还需进一步修饰。

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