2023-11-16CMplot参数意思

Pmap 输入数据文件

col 设置不同染色体中点的颜色

cex 设置点的大小

pch 设置点的形状

band 设置不同染色体之间的间隔

H 设置每个圈的高度

ylim 设置y轴的范围

bin.size 设置SNP密度图中的窗口大小

cex.axis 设置坐标轴字体和标签字体的大小

plot.type 设置不同的绘图类型，可以设定为"d","c","m","q"or"b"

multracks 设置是否需要绘制多个track

r 设置圈的半径大小

xlab 设置x轴标签

ylab 设置y轴标签

outward 设置点的朝向是否向外

threshold 设置阈值并添加阈值线

threshold.col 设置阈值线的颜色

threshold.lwd 设置阈值线的宽度

threshold.lty 设置阈值线的类型

amplify 设置是否放大显著的点

signal.cex 设置显著点的大小

signal.pch 设置显著点的形状

signal.col 设置显著点的颜色

chr.labels 设置染色体的标签

chr.den.col 设置SNP密度图的颜色

cir.band 设置环状曼哈度图中不同染色体之间的间隔

cir.chr 设置是否显示染色体的边界

cir.chr.h 设置染色体边界的高度

cir.legend 设置是否显示图例

cir.legend.cex 设置图例字体的大小

cir.legend.col 设置图例的颜色

LOG10 设置是否对p-value取log10对数

conf.int.col 设置QQ图中置信区间的颜色

file.output 设置是否输出图片file 设置输出图片的格式，可以设定为"jpg","pdf","tiff"

dpi 设置输出图片的分辨度

memo 设置输出图片文件的名字