NRRD批量转换成NIFTI

3D slicer, MITK默认会将医学图像保存为格式为NRRD的图像，但是我们还是习惯于操作NIFTI格式的数据，于是就有了NRRD转换成NIFTI的需求。
之前自己有一个比较笨的方法，就是将NRRD图像导入到MITK软件中，然后再另存成NIFTI的数据。如果数据少，还可以接受。但是当数据比较多时，这种方法过于耗时耗力。
为了解决这个问题，网上搜索了一些解决方案，并将两个代码进行了合并^[1]，供使用，具体代码如下。代码中baseDir可以修改成指定的目录，files里面*后面的部分，改为自己匹配的文件名。

import os
from glob import glob
import numpy as np
import vtk

def readnrrd(filename):
    """Read image in nrrd format."""
    reader = vtk.vtkNrrdReader()
    reader.SetFileName(filename)
    reader.Update()
    info = reader.GetInformation()
    return reader.GetOutput(), info

def writenifti(image,filename, info):
    """Write nifti file."""
    writer = vtk.vtkNIFTIImageWriter()
    writer.SetInputData(image)
    writer.SetFileName(filename)
    writer.SetInformation(info)
    writer.Write()


baseDir = os.path.normpath(r'G:/aurora-nrrd/')
files = glob(baseDir+'/*label.nrrd')

for file in files:
    m, info = readnrrd(file)
    writenifti(m,  file.replace('label.nrrd', 'label.nii'), info)

1. python - Nrrd to Nifti file conversion - Stack Overflow ↩