2019 年度总结

2019 年过去了，我把自己的 GitHub 仓库清理了一遍，总结过去一年自己的收获和思考。

参与发表的文献

2019 年我参与发表了 5 篇科学文献，其中 4 篇 SCI，另 1 篇是我将去年开发的 UCSCXenaTools 投到了 JOSS。
我心里最满意的是 UCSCXenaTools 经过 rOpenSci 的代码审查后快速被 JOSS 收录并发表，这一年我一直保证良好的维护状态，目前有上万次的下载安装，希望未来能够帮助更多的癌症研究人员。

其他 4 篇有 3 篇是研究型文章，我通过它们成长了很多，包括课题的分析思路、代码的实现等。但个人仍感觉不够深入和
细致，自己对于研究背景知识的理解还大有欠缺，希望新的一年有更多的成长。

• The predictive power of tumor mutational burden in lung cancer immunotherapy response is influenced by patients’ sex, IJC
• The UCSCXenaTools R package: a toolkit for accessing genomics data from UCSC Xena platform, from cancer multi-omics to single-cell RNA-seq, JOSS
• Sex Differences in Cancer Immunotherapy Efficacy, Biomarkers, and Therapeutic Strategy, Molecules
• Ras Downstream Effector GGCT Alleviates Oncogenic Stress, iScience
• Antigen presentation and tumor immunogenicity in cancer immunotherapy response prediction, eLife

遗憾的是凭借前 4 篇文章和去年发表的一篇 Oncogene，我仍然未能入选 2019 年的国家奖学金的评选，
可能以后再也不会像去年那样有心去争取了。

开发和维护的工具包或脚本

2019 年我开发和维护了一系列的工具或脚本，既是为了帮助自己，也希望能够帮助他人。

• ezcox - 批量实现 Cox 分析
• metawho - 实现亚组元分析
• UCSCXenaTools - 获取 UCSC Xena 数据库数据集
• UCSCXenaShiny - 以 Shiny 应用的方式查看和下载 UCSC Xena 数据库数据集
• contribution - 贡献表格的 ggplot2 实现（兴趣所致）
• DoAbsolute - 并行调用 ABSOLUTE 实现拷贝数分析
• sigminer - 基因组变异 Signature 分析（已开发一年，希望新的一年发表）
• loon - 懒人工具箱，用于本地操作远程主机实现一些通用任务、PBS 计算和批处理等（目前接近 18K 下载安装）
• yq - 语雀的 R API，兴趣所致，实现了简单的一些功能，目前没有继续整了
• flymaps - VSCode 快捷键插件，用于数据分析（现在还非常简单）
• install_GISTIC - 一键安装 GISTIC2.0 用于拷贝数分析

贡献的工具

我还贡献了一些已有的项目，包括增加特性、修复 bug、回答问题等等。

• copynumber - 支持 hg38
• maftools - 修了一些 bug 和新增了一些特性
• forestmodel - 修了一些 bug 和新增了一些特性

翻译

2019 年我做了一些翻译工作，包括 R 和 Python。

• Cookbook for R 中文版 - 一本很不错的 R 语言学习和参考手册
• 使用Bioconda辅助生物信息学软件安装：一个简短的教程
• 利用Python进行数据分析（第二版） - 这个我是搬运工，后续需要进一步修改

展望与计划

过去一年安然度过，累也充实。新的一年，我希望能够尝试更多可能。

课题和研究内容

• neopeptides - 尝试开发工具用于肿瘤新抗原一些属性的解读
• sigminer - 这个工具在今年能够顺利发表并成为领域的标准工具之一吗？
• ImmuneDR - 免疫组学分析常用数据集的收集和整理，希望有更多相关人员参与

兴趣

• UCSCXenaShiny - 很久之前就有重构的打算，一些设计也已经经过讨论。接下来会花更多的时间带领 XenaShiny 小队完成目标。
• pyshields - Python README 能否肆意添加和转换 badge 呢？
• flymaps - 维护和拓展相关的快捷键
• GoArduino - 尝试学习下硬件相关编程和设计

学习

• shinyshining - 学习 Shiny，并将它应用于 UCSCXenaShiny 的开发
• Pythonshining - 学习 Python 和项目开发
• SnakeFlow - 学习 Snakemake，收集整理目前已有的流程，编写一些有用的
  分析流程

翻译

• shiny-book - 尝试翻译 Shiny 官方书籍
• gentle-ggplot2 - 向大家系统的介绍 ggplot2
• mlr3-book - 学习使用 R 进行机器学习并尝试翻译
• tidy-eval - 向大家系统介绍非标准计算

最后希望新的一年自己和家人身体健康，爱情美满。