ShinyUpSetR-你也可以搭建自己的集合图可视化平台
2020-09-25 本文已影响0人
Davey1220
image.png
下载ShinyUpSetR的docker镜像并进行配置
可以在我的github上下载相应的安装包和docker镜像。
image.png
# 使用git clone下载安装包
git clone https://github.com/dongwei1220/shiny-upsetr.git
# 如果下载不成功，也可以从我的gitee上进行下载
git clone https://gitee.com/dongwei1220/shiny-upsetr.git
Cloning into 'shiny-upsetr'...
remote: Enumerating objects: 21, done.
remote: Counting objects: 100% (21/21), done.
remote: Compressing objects: 100% (20/20), done.
remote: Total 21 (delta 5), reused 0 (delta 0), pack-reused 0
Unpacking objects: 100% (21/21), done.
# 使用docker构建docker镜像
# 进入shiny-upsetr文件夹中
cd shiny-upsetr
# 查看当前文件夹下的文件
ls
app/ Dockerfile LICENSE README.md run.sh
# 使用docker build命令基于Dockerfile构建upsetr镜像
# 此处可能需要一定的时间构建docker镜像
# -t参数指定镜像的tag name
docker build -t upsetr .
...
...
...
Removing intermediate container 580a365e4a93
---> 02e00238ef86
Step 5/8 : COPY app /srv/shiny-server/app
---> 0a340e9ec650
Step 6/8 : RUN chmod -R 755 /srv/shiny-server/
---> Running in b010565682f5
Removing intermediate container b010565682f5
---> 3059ff49959d
Step 7/8 : EXPOSE 3838
---> Running in cdc15264b1c9
Removing intermediate container cdc15264b1c9
---> 6c8cb62ad726
Step 8/8 : CMD ["R", "-e", "shiny::runApp('/srv/shiny-server/app', host='0.0.0.0', port=3838)"]
---> Running in 5da4dd03a6bc
Removing intermediate container 5da4dd03a6bc
---> 2acd4f8c297a
Successfully built 2acd4f8c297a
Successfully tagged upsetr:latest
# 构建成功后，可以使用docker images命令查看当前存在的镜像
# 可以看到构建好的upsetr镜像
docker images
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE
upsetr latest 2acd4f8c297a 5 minutes ago 1.86GB
rocker/shiny latest 64b40e627144 8 weeks ago 1.54GB
ubuntu 16.04 657d80a6401d 12 months ago 121MB
# 使用docker run命令运行upsetr镜像搭建自己的集合图可视化平台
docker run --rm -p 3838:3838 upsetr
镜像运行成功后，在你的浏览器上输入自己的ip地址和端口（http://localhost:3838）即可查看搭建好的ShinyUpSetR应用。
当然，你也可以通过以下链接使用ShinyUpSetR应用：
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截止目前，网站的总访问量大约 7 万余次，在免注册使用大部分可视化插件，以及仅开放教育用户和邀请注册的情况下，已有正式注册用户千余人，日均访问量千余次。
ShinyUpSetR的使用
整个应用平台主要分成以下三个部分：输入控制区，参数调整区和可视化绘图区。可以通过调整不同的参数进行交互式地可视化展示，并提供下载相应的pdf矢量图图片和数据集的展示与下载。
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查看数据集并进行下载。
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