安装时间：2021.2.19

1. 简介

目前常用对基因进行注释的工具有两款：Prokka和RAST。在web of science上RAST引用次数6280次，prokka引用次数 3177次，但是prokka内置基因CDS预测工具prodigal的引用次数比RAST内置基因CDS预测工具glimmer多一千多次。同时，可能RAST的在线版本降低了其使用的难度，因此使RAST的引用次数较多。相较之下，选择使用Prokka。

Prokka是一款快速对原核生物基因组进行注释的工具，可以在10分钟内完成对一个细菌基因草图的注释工作。

2. 安装

利用conda安装

conda install prokka

3. 使用

3.1 利用内置数据库进行注释

prokka --outdir <输出内容所在文件夹> --prefix <输出文件的前缀名> <需注释文件>

1. 内置数据库有三个：ISfinder转座酶、NCBI的耐药基因、SwissProt数据库。
2. 需要注释的文件格式为：fasta。
3. 当有genbank或者蛋白序列的fasta文件时，可以加上选项--proteins（最好是genbank格式文件）

3.2 修改内置数据库

暂时还未用到，后面需要用到再细看

4. 生成的文件

• .gff：GFF3格式文件
• .gbk：标准的Genbank格式文件
• .ffn：核苷酸fasta文件
• .faa：氨基酸fasta文件
• .txt：注释结果总的说明