HumanN3安装及测试

2021-01-11 本文已影响0人蚂蚁爱吃饭

为啥还要自己按呢？因为买的服务器安了humann2，但是配置的Humann3的数据库，2和3的数据库不匹配。所以要么我自己下2的数据库，要么自己安一个3.于是我选择自己安humann3.。。。

安装参考了这个：humann3安装

一路还挺顺利

根据本地的数据库进行配置update下：

也很顺利哦~

运行：humann --input mRNA.R1.fq.gz -o mRNA.R1.humann3.o

报错：CRITICAL ERROR: Please update diamond from version 0.8.22 to version 0.9.24

也是上面链接中提到的问题。

本地bin下的的diamond version是 diamond version 0.8.22

自己安一个diamond 0.9.24,然后放到Bin下：ln -s /project/baowenjuan/APP/diamond /usr/local/bin/diamond

再跑下。报错：Error: Database was built with a different version of Diamond and is incompatible.

所以咯，还是要自己重新建库：(服务器上的2个文件居然用的两个版本的diamond Built的！自己都改为0.9.24的，都放在自己的目录下)

/usr/local/bin/diamond-v0.8.22 getseq -d uniref50_201901.dmnd |/usr/local/bin/diamond makedb -d /project/baowenjuan/APP/humann3/db/uniref50_201901 &

/usr/local/bin/diamond getseq -d uniref90_201901.dmnd |/usr/local/bin/diamond makedb -d /project/baowenjuan/APP/humann3/db/uniref90_201901 &

重新跑就可以啦~