Counts到差异表达基因（三）- 无重复数据 - DiffAn

写在前面

有时候，我们需要分析的数据并不是近期测的。
那么就会拿到一些没有重复的测序数据。
这些数据或者是RNAseq测序普及的早期，或者是经费有限，更或者实验设计上并不重要的数据。
无论数据，既然数据与课题相关，那么就存在挖掘的价值。
定量方式与之前相同，只是在差异表达分析上，与之前有重复的数据会有所不同

无重复数据的差异表达分析流程

所有文件的准备，均直接参考有重复数据的文件准备。
但是，必须注意的是，没有重复的数据，必然是一个样本对应一个条件。如下

准备好之后，就可以直接运行

Rscript /tools/XiaLabRNAseqPipe/DiffAnalysisNoReplicates.r gene_count_matrix.csv sample.info comp.info

运行结束会得到以下结果

其中，.pdf文件为一些图片，.xls文件为全部进行统计检验的基因以及基于常见阈值筛选后，剩下的差异表达显著的基因

写在后面

无重复的数据，可靠性总是要低一些的。后期数据的使用，还是谨慎起见。