为什么很多时候GO富集分析不推荐使用GOslim

写在前面

Emmm... 似乎发现自己的记忆力大不如前。类似的问题以前我在知识星球写过，不过现在确实没有太多去上面写。
TBtools最早期的两大主要功能，1）序列提取；2）GO分析，包括注释和富集分析。当我们对一个基因集合进行 GO 分析的时候，往往可能会遇到一个问题。即，GO 注释结果过于分散和复杂。于是存在 GO slim。

GO slim

一般情况下，我们在做GO分析的时候会使用

但是这个文件中，其实包含的信息比较庞大，如：

1. 人类神经发育相关的注释，但是...如果你做植物，那么肯定植物又没神经？
2. 植物花粉发育相关的，但是....如果你做动物，那么动物哪里有花粉？
   。。。

于是GO slim就有了存在的理由。这事实上就是一堆又一堆的人对已有GO数据库进行相对特异性的注释标注，如存在

打开其中的注释信息可以看到

授粉，果然就是植物的。
但是问题来了，

只有 98个 Term！是的，如果用这个文件去做分析，那么你当然可以得到只属于植物的GO注释结果。然而事实是，如果生物体再简单，也简单不到98个Term就可以覆盖。

回头再看 go-basic.obo

有 40000+ 个... 如果看看里面的 GOslim 信息。

确实只有98个....

OK，那么缺少的是啥？

GO slim 缺少了很多生物体通用的Term

我的课题比较诡异，会涉及到减数分裂....如果我们用减数分类来搜索，会发现

找不到.... 而在 go-basic.obo中

写在最后

于是....我一般还是建议....用全面的，分析出来之后，自己爱怎么过滤就按照自己的心情来。