经过一段时间的调研，必须要有root才能用apt安装一些依赖包。缺了它们无法正常使用。

一、安装

1. 安装依赖

conda install -y build uuid squashfs libseccomp  cryptsetup

这里只是能安装的依赖包，有些安装不上。

如果有root的话

sudo apt-get update && sudo apt-get install -y \

build-essential uuid-dev libgpgme-dev squashfs-tools \

libseccomp=dev wget pkg-config git cryptsetup-bin

2. 安装 GO 语言

wget https://golang.org/dl/go1.14.12.linux-amd64.tar.gz

tar -C /pub/software -xzvf go1.14.12.linux-amd64.tar.gz

rm go1.14.12.linux-amd64.tar.gz

我是翻墙之后直接访问https://golang.org/dl/go1.14.12.linux-amd64.tar.gz下载，再Filezila回来解压的。

添加环境变量等等

3. 下载 singularity

wget https://github.com/hpcng/singularity/releases/

download/v3.7.2/singularity-3.7.2.tar.gz

 tar -xzf singularity-3.7.2.tar.gz

 cd singularity

apt安装不上最新版本，不过无所谓，没有root也用不成apt

4. 安装 singularity

 ./mconfig

 cd builddir

 make

sudo make install

./mconfig --prefix=/PATH/   

加上具体路径可以安装，否则会默认到一个什么乱七八糟的地方，后期不利于管理。

二、使用

1.下载image

singularity pull --arch amd64 library://library/default/ubuntu:20.04

singularity pull docker://ncbi/blast
singularity pull blast.tif docker-deamon:blast

可以从https://cloud.sylabs.io/library里面找，也可以去Docker Hub里面找images，接下来把docker本地镜像转换成singularity

2.运营沙箱

singularity build --sandbox blast ubuntu_20.04.sif

singularity shell -w -f blast/

singularity build blast/sif blast

singularity会自动挂载home和pwd目录，这点非常顺手。
shell进入交互界面 -w进入可写模式 -f成为fakeroot
容器的优势是你之前下载好的image里面已经有pipeline所需的环境了，如果还需要另外安装的话需要以上套路。

3.运行容器

singularity exec blast.sif blastp -h

$ singularity shell blast_latest.sif bash
Singularity> id
uid=1491(ug1051) gid=1001(VIP) groups=1001(VIP)
Singularity> exit
exit
$ singularity shell -f blast_latest.sif bash
INFO:    Converting SIF file to temporary sandbox...
Singularity> id
uid=0(root) gid=0(root) groups=0(root)

exec直接运行sandbox里面的命令，不需要进入