Circos安装记录
2019-09-28 本文已影响0人
水云木石
在实验室一个Ubuntu系统的服务器中安装Circos-0.67
-
首先检查Perl版本是否高于5.22，如果Perl版本较低，则需要升级
-
开始安装Circos：
Circos是基于Perl脚本的程序，所以Circos的安装难度主要在于Perl模块，至于Circos本身的安装包，下载之后直接解压即可。
首先看一下安装Circos需要哪些支持模块：
cd /qys/software/circos-0.67/bin
qys@60533lab:~/software/circos-0.67/bin$ ./list.modules
Carp
Clone
Config::General
...
GD
GD::Image
...
Storable
Sys::Hostname
Text::Balanced
Text::Format
Time::HiRes
以上是安装Circos所需要的所有模块，然后看一下哪些模块需要安装：
qys@60533lab:~/software/circos-0.67/bin$ ./test.modules
Circos can now list its own modules.
> circos -modules
qys@60533lab:~/software/circos-0.67/bin$./circos -modules
ok 1.38 Carp
ok 0.38 Clone
... ...
ok 2.56 GD
ok 0.2 GD::Polyline
... ...
ok 1.19 Set::IntSpan
ok 1.6611 Statistics::Basic
ok 2.53_01 Storable
ok 1.20 Sys::Hostname
ok 2.03 Text::Balanced
ok 0.59 Text::Format
ok 1.9733 Time::HiRes
因为已经安装好了，所以看到每个模块前面都是OK，如果存在缺失的模块，前面就是missing，关于安装的方法，除了GD等较为复杂的模块，其他都可以参照如下命令：
cpan -i <模块名>
（这一步中，在shell中输入./circos -modules可能会遇到如下错误：-bash: /bin/env: No such file or directory，在系统上env这个二进制文件的位置不是一个标准的位置，需要在文件或者系统中适当调整，首先查找到env这个文件的位置：
>which env
/usr/bin/env
解决措施：我是直接做了一个软链接：
>sudo su
cd /bin
ln -s /usr/bin/env env）
如果GD模块没有安装，需要确认一下系统中是否存在 zlib，freetype，jpeg，libpng，如果都有的话，下载 libgd，然后安装
安装好libgd，再通过 cpan安装GD ： cpan -i GD
最后确认circos需要的模块是否都已经安装完毕 ./circos -modules
确认全是OK之后，运行：
>circos -man
NAME
____ _
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \___\___/|___/
round is good
circos - generate circularly composited information graphics
SYNOPSIS
# guess location of configuration file
circos
# use specific configuration file
circos -conf circos.conf [-silent]
# diagnose required modules
circos -modules
