使用R包EnhancedVolcano绘制标记基因名字的火山图

环境：R_x64_4.0.2 & RStudio_1.2.1335
相比网站生成火山图，使用R语言生成火山图可以满足更多的要求，但相关文章不甚清晰，遂记录一下生成 带标签火山图 的过程，留与媛媛查阅。
目录
效果预览
一、EnhancedVolcano安装方法
1.安装
2.检验
二、使用EnhancedVolcano绘制火山图
效果预览

image.png

一、EnhancedVolcano安装方法
1.安装
RStudio中输入

install.packages('devtools');devtools::install_github('kevinblighe/EnhancedVolcano');
1
这里代码意义是下载Github上的EnhancedVolcano包，如果选择节点记得选择国内节点

等待安装直到出现如下提示：

即已经完成安装。

2.检验
检验是否成功安装，输入

library(EnhancedVolcano)
1
声明包，若无ERROR字样即成功安装。

二、使用EnhancedVolcano绘制火山图
1.使用library(EnhancedVolcano)声明EnhancedVolcano包。
2.导入数据，以.csv文件为例

data=read.csv(file="test.csv",header=T,row.names=1,sep=',')
1
参数说明：

file="" : 引号内为文件名称，文件要放在默认文件夹下，可打开右下Fils并将文件拖入，见下图
header=T：列名默认设置。
row.names=1：将第一列作为行名，就是我们要在图中展示的标签。
sep=','：以,为分隔符，如果txt输入将参数换为" "（空格）。

image.png

示例数据：

image.png

3.使用EnhancedVolcano()语句生成火山图,举例如下：

EnhancedVolcano(data, lab = rownames(data), x = 'Foldchange', y = 'Pvalue',xlim = c(-17, 13),ylim=c(1,6),pCutoff = 0.001,FCcutoff = 2)
1
参数说明：

data：导入的数据文件。
lab = rownames(data)：设置标签，方便展示（此参数须在2.步中设置row.names才能使用）
x = 'Foldchange'、y = 'Pvalue'：设置横纵坐标轴与data中列的对应
xlim = c(-17, 13)、ylim=c(1,6)：设置x、y展示区间
pCutoff = 0.001、FCcutoff = 2：自定义阈值线。
在右侧即可看到生成的火山图

image.png

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原文链接：https://blog.csdn.net/qq_43751719/article/details/109004157